Добрый день, Артём,
на MCC дереве нас интересуют в первую очередь глубокие ветвления, которые и обсуждаются в тексте. Эти внутренние узлы поддерживаются ручным анализом мутаций и ML деревом. Также специально был проведён анализ всего датасета и двух его подмножеств, чтобы датировать их. Тем не менее мы обдумаем возможность отображения апостериорных вероятностей на узлах MCC дерева, спасибо за предложение.
Что касается молекулярных часов, то мы использовали сильное априорное распределение на clockrate. Для этого мы использовали апостериорную оценку этого параметра из анализа британской эпидемии, которая была получена из большого датасета, как описано в Методах.
С уважением,
Георгий